Los datos históricos de funcionamiento del Colegio Experimental de la UNAP, se remontan al 27 de enero de 1981, cuando fue emitida la R.J. 008-DEH-81, nombrando al profesor Rubén Sicchar Valdez como director del CEUNAP.
Para complementar eficazmente este primer documento, el 9 de febrero de 1981 el programa Académico de Educación emitió la R.D. 003-PAE-81, nombrando una comisión ad hoc para realizar gestiones ante la Dirección Regional de Educación.
El 12 de marzo de 1981, el rector de la UNAP, Ing. Segundo Pascual Camacho emitió la R.R. 2920 creando el Colegio Experimental de Aplicación Anexo a la UNAP. Posteriormente el 14 de abril la Dirección Regional de Educación emitió la R.D. 000063 admitiendo la creación del CEUNAP.
El Colegio inició sus actividades en las instalaciones de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, para pasar luego a los ambientes del local comunal del PP. JJ. 9 de Octubre donde funcionó con tres secciones de secundaria: 1º, 2º y 3º, hasta el año 1985. Su primer director fue el Prof. Víctor Rubén Sicchar Valdez.
Posteriormente, se trasladó al A.H.M. Modelo, donde se construyó un local provisional de material rústico (ubicado en lo que hoy es la plaza de dicho asentamiento humano), para después pasar a ocupar los ambientes del moderno local que hoy ostenta.
Ocuparon el alto cargo de director los catedráticos universitarios siguientes:
| CATEDRÁTICO | CARGO |
|---|---|
| Prof. Víctor Rubén Sicchar Valdez | (1981-1985) |
| Prof. Oswaldo Saavedra López | (1986) |
| Lic. Luis Pastor Vásquez | (1986-1990; 1991-1993) |
| Lic. Gerges Bocanegra Cobián | (1987) |
| Lic. José Díaz Heredia | (1988-1995-1997) |
| Lic. Estela Tuesta Ríos | (1989) |
| Soc. Jorge Marreros Benítez | (1990-1991) |
| Lic. Anunciación Hernández Grández | (1994) |
| Lic. Walter Chucos Calixto | (1997) |
| Lic. Mgr. Fernando Guevara Torres | (1998-1999, 2000, a marzo 2001) |
| Lic. Luis Pastor Vásquez | (2001 a marzo 2002) |
| Lic. Juan Enrique Zárate Aedo | (marzo 2002 a abril 2004) |
| Lic. Rodolfo Gáslac Gáloc. | (marzo 2004 al 15 junio 2004) |
| Lic. Lindomira Vertiz Alarcón | (presidenta de la Comisión Reorganizadora) |
| Lic. Mgr. Rodolfo Ríos Pérez | (1 de septiembre al 31 de diciembre 2004) |
| Prof. Víctor Rubén Sicchar Valdez | (3 de enero al 9 de junio 2005) |
| Lic. Nolberto Guerra Amaral | (10 de junio al 31 de diciembre 2005) |
| Lic. Rúsel A. Pizango Paima. Mgr. | (1 de enero 2006 al 31 de diciembre 2007) |
| Lic. Luis Nilo Zambrano Peña | (1 de enero 2008 al 31 de diciembre 2008) |
| Lic. Julio César Olórtegui Sáenz | (1 de enero 2009 al 31 de diciembre 2010) |
| Dra. Nilda Manuela Rodríguez Mera | (1 de enero 2011 a la actualidad) |
En la actualidad, el CEUNAP cuenta con 52 trabajadores, distribuidos entre la plana docente, personal administrativo, personal de servicio y personal de vigilancia. En el Colegio funcionan los niveles educativos primario y secundario, su población estudiantil en el nivel primario es de: 420 y en el nivel secundario es de: 420, cuenta con 12 aulas en ambos niveles, está ubicado en la Av. Los Ángeles s/n - del distrito de San Juan Bautista, teléfono 261298.