Centro de Capacitación en Conservación Interdisciplinaria en Amazonía Occidental (CCCIAMAZ-UNAP)
Centro de Estudios Preuniversitario de la UNAP (CEPREUNAP)
Centro de Investigación de Lenguas Indígenas de la Amazonía Peruana (CILIAP)
Centro de Referencia e Información de Suelos de la Amazonía Peruana (CRISAP)
Facultad de Ciencias Biológicas
Facultad de Ciencias de la Educación y Humanidades
Facultad de Ciencias Económicas y de Negocios
Facultad de Ciencias Forestales
Facultad de Derecho y Ciencias Políticas
Facultad de Farmacia y Bioquímica
Facultad de Industrias Alimentarias
Facultad de Ingenieria de Sistemas e Informatica
Facultad de Ingeniería Química
Fondo Editorial Universitario (FEU)
Fundación para el Desarrollo Sostenible de la Amazonía Baja del Perú (FUNDESAB)
Institución Educativa Experimental UNAP
Institución Educativa Inicial Maria Reiche
Laboratorio de Investigación de Productos Naturales Antiparasitarios de la Amazonía (LIPNAA)
Oficina de Coordinación en Lima
Oficina de Imagen Institucional
Oficina de Relaciones Interinstitucionales
Oficina de Sistemas Informáticos y Comunicaciones (OSIC)
Oficina Ejecutiva de Abastecimiento
Oficina Ejecutiva de Contabilidad
Oficina Ejecutiva de Control Patrimonial
Oficina Ejecutiva de Estadística
Oficina Ejecutiva de Planeamiento y Desarrollo
Oficina Ejecutiva de Racionalización
Oficina Ejecutiva de Tesorería
Oficina General de Administración (OGA)
Oficina General de Asuntos Académicos (OGAA)
Oficina General de Bienestar Universitario (OGEBU)
Oficina General de Extensión y Proyección Universitaria (OGEPU)
Oficina General de Infraestructura
Oficina General de Investigación de la UNAP (OGINV)
Oficina General de Mantenimiento y Servicios