Mediante R.R. 1175-98-UNAP del 8 de agosto de 1998, se creó la Facultad de Odontología. Su primer coordinador fue el doctor Jorge Sibina Sibina. La Facultad inició su funcionamiento académico y administrativo en el año 1999, acogiendo a su primera promoción en un número de 37 ingresantes.
Con fecha 8 de septiembre de 1999, la UNAP suscribió un convenio con el Club de Leones de Iquitos, a fin de poder hacer uso de sus instalaciones ubicadas en la calle Almirante Guisse 218, Iquitos, donde se instalaron las oficinas administrativas, aulas, laboratorios y la biblioteca especializada. Para el primer semestre académico del año 2002, la Facultad puso en funcionamiento la Clínica Dental, la misma que brinda enseñanza a nuestros estudiantes, así como servicio dental hacia la comunidad.
Con R.R. 2997-2002-UNAP es designada la bióloga Teresa de Jesús Mori del Águila como coordinadora de la Facultad a partir del mes de enero de 2003.
Mediante R.R. 1543-2005-UNAP de fecha 15 de agosto de 2005, se designa una comisión de gobierno, conformada por los siguientes profesionales: C.D. Rafael Fernando Sologuren Anchante (presidente), C.D. Pedro Chávez Toro (miembro) y C.D. Rubén Darío Meléndez Ruiz (miembro), la misma que una vez concluidas sus funciones, acuerda brindar la confianza al C.D. Rafael Fernando Sologuren Anchante para continuar al frente de la coordinación de la Facultad por un periodo de dieciséis meses, contados a partir del 16 de agosto de 2006 al 31 de diciembre de 2007.
Al cabo de ocho años se pudo concretar desde nuestra creación y, gracias al apoyo de nuestras autoridades universitarias de ese entonces, el tan ansiado deseo para que nuestra Facultad cuente con un local propio. El mismo tiene todas las comodidades necesarias, para que nuestros estudiantes puedan desarrollarse y formarse tanto académica como profesionalmente, con el fin de enfrentar adecuadamente las exigencias que el mundo actual lo exige.
Mediante R.R. 2501-2007-UNAP de fecha 1 de enero del año 2008, se designó al C.D. Luis Alberto Aguilar Tavares, como coordinador de la Facultad hasta el 21 de junio de 2011.
Con R.R. 1461-2011-UNAP de fecha 22 de junio de 2011, se conformó una nueva comisión de gobierno, constituida por el C.D. Alejandro Chávez Paredes (presidente), C.D. Rafael Fernando Sologuren Anchante (miembro) y C.D. Ana María Joaquina Moura García (miembro). Esta gestión duró hasta el 21 de junio de 2012.
Desde el 22 de junio de 2012 de acuerdo con la R.R. 1232-2012-UNAP, se designó al C.D. Alejandro Chávez Paredes como coordinador de la Facultad hasta el 13 de marzo de 2014.
A partir del 14 de marzo de 2014 de acuerdo con la R.R. 0562-2014-UNAP, asume funciones de coordinadora de la Facultad de Odontología, C.D. Ana María Joaquina Moura García hasta el 7 de junio de 2017 y, a partir del 8 de junio de 2017 se designa al magíster Manuel Justo Meza Garay, como el primer decano de la Facultad.
Con RAU 007-2002-AU-UNAP del 28 de octubre de 2022, se reconoce a don Rafael Fernando Sologuren Anchante como decano de la Facultad desde el 11 de octubre de 2022 al 11 de octubre de 2024.
A la fecha, la Facultad de Odontología cuenta con los siguientes datos académicos: