El primer pilar para la creación de la Facultad de Ciencias Forestales en la UNAP, constituye la Escuela de Peritos Forestales con una duración académica de tres años; en esta Escuela se formaban técnicos forestales.
Posteriormente, por gestión directa de la Universidad ante el Consejo Nacional de la Universidad Peruana (CONUP), en 1971, se crea el Programa Académico de Agronomía bajo la dirección del Programa de Agronomía y Forestales.
Los docentes que prestaban servicios al Programa Académico de Ciencias Forestales, solicitaron a las autoridades de la UNAP la creación del Departamento Académico de Ingeniería Forestal, la misma que se concretó con la dación de la resolución de la Comisión de Gobierno en el año 1972.
Luego de dos años de funcionamiento como Departamento Académico, el Consejo Nacional de la Universidad Peruana (CONUP) no ratifica su creación por razones de carácter legal, que estaban contemplados en el Estatuto General de la Universidad Peruana, y se recomienda que el Departamento Académico Agronomía-Forestal, se divida en dos secciones: Sección Agronomía y Sección Forestales.
El año de 1975, se crea el Departamento Académico de Ingeniería Forestal, presentando para ello un Plan de Desarrollo con el fin de conseguir en corto y mediano plazo un núcleo forestal que sirva de motivación para las empresas privadas o estatales. El 18 de diciembre de 1983 se promulgó la Ley Universitaria Nº 23733, en la que se dispone el reordenamiento académico y administrativo de las universidades del país, facultando a cada universidad la elaboración de su estatuto y que procedan a elegir a sus respectivas autoridades. La Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, con fecha 1 de mayo de 1984 promulgó su Estatuto General, considerando nueve facultades académicas, estando dentro de ellas la Facultad de Ingeniería Forestal.
Durante su funcionamiento la Facultad ha sido gobernada por los siguientes decanos:
De la totalidad de estudiantes que ingresaron a la Facultad, se han graduado hasta la fecha seiscientos noventa y ocho (698 bachilleres), de los cuales se titularon doscientos cincuenta y tres (253), los mismos que se encuentran ocupando cargos de dirección y de gestión, distribuidos en todas las regiones del país .
La población estudiantil en el presente año es de seiscientos diecisiete (617) estudiantes, de los cuales la Escuela de Formación Profesional de Ingeniería Forestal tiene 521 estudiantes y la Escuela de Formación Profesional de Ingeniería en Ecología de Bosques Tropicales 96 estudiantes.
En la actualidad, esta Facultad es una Unidad Académica de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, y está ubicada a la vanguardia del conocimiento científico, la misma que establece una sólida base para el desarrollo y la formación del Ingeniero Forestal y del Ingeniero en Ecología de Bosques Tropicales.
Mediante Resolución Rectoral 019-2005-CU-UNAP del 4 de julio de 2005, se cambió la denominación de la Facultad de Ingeniería Forestal por la de FACULTAD DE CIENCIAS FORESTALES.