La Facultad de Farmacia y Bioquímica fue creada mediante R. R. 0219-97-UNAP del 27 de febrero de 1997. Inició sus actividades con 52 ingresantes el 26 de abril de 1999. Con R. R. 0528-2001-UNAP del 2 de marzo de 2001 se aprobó la obra "Construcción de la Facultad de Farmacia y Bioquímica en el local eventual ubicado en pasaje los Paujiles, AA. HH. Nuevo San Lorenzo, San Juan Bautista.
Mediante R. R. 2636-UNAP del 30 de octubre de 2002, se designó en vías de regularización al ingeniero Julio Arce Hidalgo como coordinador de la Facultad a partir del 1 de enero de 2000, quien solicitó en Consejo Universitario la construcción del campus de la Facultad en un área de terreno de 33 hectáreas en el Fundo Zungarococha-Puerto Almendra-Nina Rumi, pedido que fue aceptado y donde actualmente está ubicado el campus; el mismo que cuenta con Laboratorios, aulas, Planta Piloto, Jardín Botánico.
Se ha logrado un desenvolvimiento y dinámica adecuados como Facultad líder en investigación y el desarrollo de fitofármacos productos medicinales. En el año 2009 se designó como coordinadora a la doctora Maritza Grández Ruiz; el 2012 se designó como coordinador al químico farmacéutico Luis Alberto Vílchez Alcalá; el año 2017 se designó como decana (e) a la ingeniera Reyna Gladys Cárdenas Vda. de Reátegui, Dra.; el 1 de agosto de 2017 se designó como decano (e) al químico farmacéutico Andrés Oberti Núñez Román, Dr.; el 8 de enero de 2018 se designó como decano (e) al químico farmacéutico Luis Alberto Vílchez Alcalá, Mag.; hasta el 31 de diciembre de 2018 y a partir del 2 de enero de 2019 se reconoce como primer decano electo por cuatro años al químico farmacéutico Andrés Oberti Núñez Román, Dr.; del 3 de enero al 31 de diciembre de 2023 se designó como decana (e) a la química farmacéutica Frida Enriqueta Sosa Amay, Dra.