El 14 de enero de 1961, se promulga la ley Nº 13498, que crea la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, siendo presidente de la República don Manuel Prado Ugarteche. La UNAP inicia sus actividades el 4 de junio de 1962, con 3 Escuelas Técnicas : Ingeniería Química-Industrial, Agronomía-Forestal y Mecánica-Electricidad.
El 19 de diciembre de 1964, se instala la Primera Asamblea Universitaria, en la que se cambia la denominación de Escuelas Técnicas por la de Facultades, estableciéndose:
En el año de 1969, por decreto ley Nº 17437 se crean los Departamentos Académicos y las Facultades se convierten en Programas Académicos. Se forma de esta manera el Programa Académico de Bio-Médicas, y se nombra a su primer director, el Dr. Manuel Acosta Jurado.
Al reestructurarse la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana por efecto de la ley Nº 17437 y de acuerdo con la resolución Nº 264-70-CONUP del 6 de agosto de 1970, se crea el Programa Académico de Biología, encargándose al Dr. Manuel Acosta Jurado la dirección del Programa.
En el año de 1974 se nombra al Dr. Franklin Ayala Flores como director del Programa Académico de Biología.
En 1984, se aprueba la ley universitaria Nº 23733 y la UNAP elabora su propio estatuto mediante el cual organiza su régimen académico con 9 facultades. Se crea así la Facultad de Ciencias Biológicas (FCB).
La Facultad de Ciencias Biológicas cuenta en la actualidad con 5 departamentos académicos: Biología, Ecología y Manejo, Flora, Hidrobiología y Microbiología – Parasitología. Asimismo, cuenta con la Escuela de Formación Profesional de Ciencias Biológicas y la Escuela de Formación Profesional de Acuicultura. Su estructura también lo integran una Sección de Postgrado con una Maestría en Ecología y Desarrollo Sostenible, Piscigranja, Museo de Zoología, Herbarium Amazonense, Instituto de Investigación, Biblioteca Especializada, Centro de Prestación de Servicios de Análisis Clínico, Oficina de Reprografía, Oficina de Asuntos Económicos y Presupuestales, Oficina de Asuntos Académicos, Oficina de Consejería, Orientación y Bienestar del Educando (OCOBE) y Oficina de Extensión y Proyección Universitaria.
Su primer decano fue el Dr. Pedro Adolfo Carey Solís (1985-1987), luego la Blga. Mercedes Bérenz Vásquez (1988), quien después de un año de mandato renunció, siendo elegido nuevamente al Dr. Pedro Adolfo Carey Solís (1989-1992). Posteriormente se eligió al Ict. Psc. Jorge Andrés Urteaga Cavero (1992-1994) y luego se encarga a partir del 1 de enero hasta el 18 de agosto de 1995 a la Blga. M.Sc. Janeth Braga Vela, la que en sesión ordinaria de Consejo de Facultad del 18 de agosto de 1995 es elegida decana por un periodo de tres años (1995 – 1998).
En sesión extraordinaria de Consejo de Facultad del 28 de diciembre de 1998 es elegido el Mblgo. M.Sc. Álvaro Tresierra Ayala, quien debía dirigir la Facultad hasta el 31 de diciembre del 2001, pero por tener que realizar estudios de doctorado se aleja de la decanatura a finales de setiembre de 1999. Al quedar vacante el cargo de decano, el Consejo de Facultad en sesión extraordinaria del 29 de setiembre de 1999, eligió como decano al Blgo. M.Sc. Roberto Pezo Díaz, quien dirigió los destinos de la Facultad hasta el 4 de octubre del 2002.
En sesión de Consejo de Facultad se acordó encargar la decanatura al Blgo. M.Sc. Roberto Pezo Díaz, hasta la elección del decano titular. El Blgo. R. Pezo renunció al encargo, lo que obligó al Consejo de Facultad encomendar la misma a los siguientes docentes: Blga. Julia Bardales García (1 de junio al 20 de julio del 2003); Dr. Lorgio Absalón Verdi Olivares (21 de julio al 21 de agosto del 2003); Blga. M.Sc. Janeth Braga Vela (22 de agosto hasta el 31 de diciembre del 2003).
En sesión extraordinaria del Consejo de Facultad, realizado el 18 de noviembre del 2003, se eligió a la decana titular en la persona de la Blga. M.Sc. Janeth Braga Vela, la misma que tiene un periodo de gestión comprendido entre el 1 de enero del 2004 hasta el 31 de diciembre del 2006.
El 03 de Marzo del 2003 se crea la Escuela de Formación Profesional de Acuicultura, según RR Nº 0443-2003-UNAP, dicho estudio de Factibilidad para la creación de la Escuela de Acuicultura, FCB, fue elaborado por la comisión conformado por: Dr. Fernando Adán Alcántara Bocanegra, Blga. M.Sc. Marina Claudiana del Águila Pizarro, Dr. Luis Alfredo Mori Pinedo y el Econ. Manuel Vigo Rodríguez.
Durante sus 42 años (1964-2006) de funcionamiento, la Facultad de Ciencias Biológicas ha albergado 2394 estudiantes. En el Semestre I-2006 tuvimos 473 estudiantes matriculados (281 de la Escuela de Formación Profesional de Biología y 174 de la Escuela de Formación Profesional de Acuicultura, 118 de Iquitos y 56 de Yurimaguas).
Desde 1969, año en que egresó su primera promoción y estuvo conformado por las siguientes egresadas: Br. Paula Flores Rumrill y la Br. Teresa de Jesús Guerra Malhiero. Hasta el 2005 han salido 38 promociones y del total de 579 Egresados, 272 ostentan el Título de Biólogo y 307 tienen el Grado Académico de Bachiller en Ciencias Biológicas.