El 14 de enero de 1961, se crea la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, siendo presidente de la República don Manuel Prado Ugarteche. La UNAP inicia sus actividades el 4 de junio de 1962, con tres Escuelas Técnicas: Ingeniería Química-Industrial, Agronomía-Forestal y Mecánica-Electricidad.
En la UNAP se crea el Programa Académico "Ingeniería en Industrias Alimentarias" el 8 de mayo de 1975 con Resolución 2251-75-CONUP, pasando al sistema de facultades el 1 de mayo de 1984 mediante Resolución 001-84-AE (Asamblea Estatutaria).
Entre los objetivos que persigue desde su creación, está el de formar ingenieros altamente capacitados para la investigación de nuevos productos alimentarios a partir de las numerosas fuentes de recursos naturales que ofrece nuestra Amazonía, mejorar los productos alimenticios ya existentes y encargarse de la tecnología industrial de los alimentos orientados además a generar el desarrollo industrial alimentario en la región y a solucionar el problema social de la alimentación ante el crecimiento demográfico y la insuficiente producción agropecuaria. El ingeniero en Industrias Alimentarias, investiga, dirige y controla el proceso de transformación y conservación de los productos agropecuarios.
En el año 2006, se presenta la solicitud de la creación de la Escuela Profesional de Bromatología y Nutrición Humana, siguiendo todo un proceso concluido en el año 2007. Es así que, en el examen de admisión para el año 2008, ingresan 50 alumnos a dicha escuela, para el año 2009 ingresaron 81 alumnos.
En la actualidad, contamos con una plana de 32 docentes divididos en dos departamentos académicos: 18 docentes en el Departamento de Ciencia y Tecnología de Alimentos y 14 en el Departamento de Ingeniería de Alimentos.
En mayo de 2018, se traslada la parte administrativa y de aulas a la ciudad universitaria de Zungarococha, iniciándose así una nueva etapa en el proceso de expansión de los horizontes institucionales.
En el año 2019 contamos con 1188 estudiantes matriculados en nuestra Facultad. Actualmente, en el año 2019 – II, se cuenta con 571 estudiantes matriculados; en la Escuela Profesional de Ingeniería en Industrias Alimentarias se registran 240 y 331 en la Escuela Profesional de Bromatología y Nutrición Humana.
Es como la FIA, aprovechando su actual capacidad instalada en aulas, laboratorios y talleres, viene cumpliendo con sus objetivos trazados y dotando a la comunidad de miembros cultos que sean capaces de proyectarse hacia ella y ejercer un liderazgo apropiado para conducirla hacia el verdadero y sólido progreso de la región.