La Facultad en Industrias Alimentarias tiene la siguiente estructura orgánica:
-Consejo de Facultad
-Decano
-Decanato
-Dirección de Escuela Profesional de Industrias Alimentarias
-Dirección de Escuela Profesional de Bromatología y Nutrición Humana
-Unidad de Investigación
-Unidad de Extensión y Proyección Universitaria
-Unidad de Postgrado
-Coordinación de Producción y Prestación de Servicios
-Coordinación de la Filial Requena
-Departamento Académico de Ciencia y Tecnología de Alimentos
-Departamento Académico de Ingeniería de Alimentos
-Oficina de Consejería, Orientación y Bienestar del Educando