Los Departamentos Académicos que conforman la Facultad de Industrias Alimentarias son los siguientes:
- Departamento Académico de Ciencia y Tecnología de Alimentos
Es un órgano de apoyo y servicios académicos, que agrupa a docentes ordinarios nombrados y contratados adscritos a la Facultad de Industrias Alimentarias, que cultivan disciplinas relacionadas a una o más áreas del conocimiento como Química, Bioquímica, Microbiología, Control de Calidad de los Alimentos, Tecnología de Procesos Alimenticios, Nutrición Humana, entre otros afines, y son responsables de su enseñanza en todos los aspectos que la misma comprende, garantizando así la formación profesional de los estudiantes de la Facultad o de otras Facultades.
- Departamento Académico de Ingeniería de Alimentos
Es un órgano de apoyo y servicios académicos, que agrupa a docentes ordinarios nombrados y contratados adscritos a la Facultad de Industrias Alimentarias, que cultivan disciplinas relacionadas a una o más áreas del conocimiento como Ingeniería de los Alimentos I, II y III; Bioingeniería; Fenómenos de Transporte; Fundamentos de Ingeniería de Alimentos; Termodinámica y otros afines; los que son responsables de su enseñanza en todos los aspectos que la misma comprende, garantizando así la formación profesional de los estudiantes de la Facultad o de otras Facultades.