Desde la década del 50 hasta comienzos del 60, del recientemente pasado siglo XX, un sector considerable de egresados del Colegio Nacional de Iquitos (CNI) y de otros pueblos de la selva, sintieron frustrada sus aspiraciones de continuar sus estudios a nivel superior, pues esto era un privilegio para aquellos que provenían de hogares de solvencia económica, que podían costear sus estudios en la capital (Lima), e incluso, en el extranjero.
La necesidad de contar con una universidad propia se constituyó como el clamor popular en búsqueda del engrandecimiento de la tierra que los vio nacer, utilizando el potencial humano y recursos propios de la región.
Como consecuencia de esta preocupación en 1959, el Centro Cívico de Iquitos, presidido por el señor Miguel A. Rojas Soto y el Comité de Barriadas de Iquitos, iniciaron coordinaciones para realizar la gestión de creación de un centro superior de estudios, que garantizara una formación profesional sólida.
Es así, que se formó el Comité Pro Universidad, presidida por el Dr. Julio C. Bances Mori, e integrada por los señores Miguel A. Rojas Soto, Kgunter Schaper, Pedro del Castillo B., José Pardo Ruiz, Juan Ramírez Ríos, Guillermo Delgado Gonzales y otros dignos personajes, quienes con decidido apoyo popular desarrollaron acciones orientadas a la creación de la Universidad.
El 14 de enero de 1961, el gobierno del señor Manuel Prado Ugarteche, dicta la ley 13498, mediante la cual crea la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, en base del proyecto presentado por los senadores Pedro del Águila Hidalgo y Guillermo Orbegoso Sarmiento, en 1957.
La Universidad al momento de su creación, estaba integrada por las escuelas superiores de Ingeniería Química Industrial, Agronomía y Forestales, Mecánica y Electricidad, así como institutos técnicos de mando medio y centros de capacitación para obreros.
Después de un año de creación y gracias al esfuerzo del consejo de administración, se inaugura la anhelada universidad del pueblo de Loreto y de la Amazonía con un plan de estudios generales, cuyos objetivos fueron los de uniformizar los conocimientos adquiridos en educación secundaria, orientar la vocación del estudiante y proporcionar mayor preparación para abordar con éxito las enseñanzas de las escuelas a nivel superior.
El 6 de abril de 1962, de un total de 284 postulantes, mediante examen de admisión, ingresan a la Universidad 226 estudiantes, iniciando sus actividades el 4 de junio del mismo año, a horas 17:30, en tres aulas de la Gran Unidad Escolar Mariscal Óscar R. Benavides de Iquitos.