La Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, creada el 14 de enero de 1961 mediante Ley 13498, no contaba con una Escuela de Postgrado, es por eso que de conformidad con lo dispuesto por el artículo 13º de la Ley Universitaria 23733 fue creada mediante Resolución Rectoral 1081-87-UNAP, del 2 de julio de 1987; la misma que en su artículo 2° nombró una comisión encargada de elaborar el perfil del proyecto de implementación, organización y reglamentación para su funcionamiento definitivo.
Cumpliendo con los mandatos de las normas legales; mediante Resolución Rectoral 0521-UNAP, del 5 de abril de 1988 se aprobó y se puso en vigencia el Reglamento de la Escuela de Postgrado.
El 24 de julio de 1989, mediante Resolución 0634-89-UNAP se aprobó el Proyecto de estudios de la maestría en Docencia Universitaria, dándose inicio a la primera maestría en la Escuela de Postgrado de la UNAP.
El 2 de noviembre de 1993, mediante Resolución 660-93-ANR, la Asamblea Nacional de Rectores, ratificó la creación de la Escuela de Postgrado “José Torres Vásquez” de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana.
El 10 de agosto de 1994, con Resolución Rectoral 1028-94-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Gestión Empresarial.
El 31 de enero de 1995, con Resolución Rectoral 0110-95-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Gestión Pública.
El 19 de agosto de 1996, con Resolución Rectoral 1389-96-UNAP, se aprobó el Convenio Interinstitucional de Cooperación Académica con la Universidad Nacional de Ucayali, para desarrollar un programa itinerante de maestría en Gestión Empresarial en la ciudad de Pucallpa.
El 9 de septiembre de 1997, con Resolución Rectoral 1121-97-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Salud Pública.
El 5 de febrero de 1999, con Resolución Rectoral 02-99-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Ciencias con mención en Desarrollo Agrario Sostenible.
El 29 de octubre de 1999, con Resolución Rectoral 017-99-CU-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Educación con mención en Gestión Educativa.
El 24 de abril de 2000, con Resolución Rectoral 001-2000-CU-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Derecho con mención en Derecho Civil y Comercial.
El 20 de junio de 2001, con Resolución Rectoral 016-2001-CU-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Docencia e Investigación Universitaria.
El 25 de febrero de 2002, con Resolución Rectoral 002-2002-CU-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Finanzas; y con Resolución Rectoral 003-2002-CU-UNAP, se aprobó en vías de regularización el Proyecto de la maestría en Auditoría.
El 1 de abril de 2002, con Resolución Rectoral 006-2002-CU-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Agronegocios.
El 23 de abril de 2002, mediante Resolución Rectoral 0969-2002-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Procesos Químicos y Bioquímicos.
El 25 de abril de 2002, mediante Resolución Rectoral 0987-2002-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Ciencias con mención en Ecología y Desarrollo Sostenible.
El 4 de noviembre de 2002, mediante Resolución Rectoral 024-2002-CU-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Ciencias Forestales con mención en Manejo Forestal.
El 30 de junio de 2004, con Resolución Rectoral 007-2004-CU-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Ciencias en Procesos Alimentarios con mención en Procesamiento de Frutas y Vegetales y Procesamiento de Recursos Hidrobiológicos.
El 9 de febrero de 2005, con Resolución Rectoral 007-2005-CU-UNAP, se aprobó el Proyecto de la maestría en Salud Familiar y Comunitaria.
El 20 de junio de 2005, con Resolución Rectoral 1269-2005-UNAP, se aprobó el Proyecto de especialización en Gerontología y Geriatría; y con Resolución Rectoral 1270-2005-UNAP, se aprobó el Proyecto de especialización en Enfermería en Cuidados Críticos.
El 1 de junio de 2006, con Resolución Rectoral 1153-2006-UNAP, se aprobó el Proyecto de doctorado en Educación.
El 18 de julio de 2006, con Resolución Rectoral 1482-2006-UNAP, se aprobó el Proyecto de doctorado en Ciencias Empresariales.
El 19 de julio de 2006, con Resolución Rectoral 1510-2006-UNAP, se aprobó el Proyecto de maestría en Derecho con mención en Ciencias Penales.
El 18 de septiembre de 2006, con Resolución Rectoral 2028-2006-UNAP, se aprobó el Proyecto de maestría en Ciencias con mención en Planificación y Manejo de Áreas Naturales Protegidas; y con Resolución Rectoral 2029-2006-UNAP, se aprobó el Proyecto de maestría en Acuicultura.
El 11 de febrero de 2008, con Resolución Rectoral 0453-2008-UNAP, se aprobó el Proyecto de maestría en Salud Familiar y Comunitaria - Yurimaguas.
El 2 de febrero de 2009, con Resolución Rectoral 0790-2009-UNAP, se aprobó el Proyecto de doctorado en Ciencias en Salud Pública.
El 2 de abril de 2009, con Resolución Rectoral 0788-2009-UNAP, se aprobó el Proyecto de maestría en Ciencias en Gestión Ambiental; y con Resolución Rectoral 0789-2009-UNAP, se aprobó el Proyecto de maestría en Negocios Internacionales.
El 17 de noviembre de 2009, con Resolución Rectoral 2449-2009-UNAP, se aprobó el Proyecto de doctorado en Derecho; y con Resolución Rectoral 2450-2009-UNAP, se aprobó el Proyecto de doctorado en Ambiente y Desarrollo Sostenible.
El 17 de noviembre de 2009, con Resolución Rectoral 2453-2009-UNAP, se aprobó el Proyecto de segunda especialidad profesional en Carielogía y Endodoncia; y con Resolución Rectoral 2455-2009-UNAP, se aprobó el Proyecto de segunda especialidad profesional en Ortodoncia y Ortopedia Maxilar.
El 9 de junio de 2010, con Resolución Rectoral 1415-2010-UNAP, se aprobó el Proyecto de maestría en Educación con mención en Problemas de Aprendizaje; y con Resolución Rectoral 1416-2010-UNAP, se aprobó el Proyecto de maestría en Educación con mención en Gestión Educativa - Caballococha.
El 13 de octubre de 2010, con Resolución Directoral 2341-2010-UNAP, se aprobó el Proyecto de maestría en Ingeniería de Sistemas con mención en Gerencia de Tecnología de la Información y Gestión de Software.
El 23 de octubre de 2010, con Resolución Rectoral 2450-2010-UNAP, se aprobó el Proyecto de segunda especialidad profesional en Periodoncia.
El 4 de enero de 2011, con Resolución Rectoral 0017-2011-UNAP, se aprobó el Proyecto de segunda especialidad en Medicina vía Residentado Médico con mención en Ginecología y Obstetricia, Pediatría, y Medicina Familiar y Comunitaria.
El 18 de abril de 2011, con Resolución Rectoral 0887-2011-UNAP, se aprobó el Proyecto de maestría en Ciencias y Tecnologías Ambientales.
El 25 de julio de 2011, con Resolución Rectoral 1677-2011-UNAP, se aprobó el Proyecto de doctorado en Ciencias Ambientales.
El 18 de febrero de 2013 con Resolución Rectoral 0416-2013-UNAP, se aprobó la segunda especialidad en Enfermería en Centro Quirúrgico.
El 2 de septiembre de 2013 con Resolución Directoral 0438-2013-EPG-UNAP, se aprobó la segunda especialidad profesional en Medicina Humana vía Residentado Médico con mención en Medicina de Enfermedades Infecciosas y Tropicales.
El 27 de marzo de 2014 con Resolución Rectoral 0661-2014-UNAP, se aprobó el Proyecto de segunda especialidad profesional en enseñanza de Formación Ciudadana y Cívica; y con Resolución Rectoral 0662-2014-UNAP, se aprobó el Proyecto de segunda especialidad profesional de enseñanza en Historia, Geografía y Economía.
El 4 de julio de 2014 con Resolución Rectoral 1022-2014, se aprobó con eficacia anticipada al 27 de junio del año 2008, el Proyecto de maestría en Epidemiología y Enfermedades Tropicales.
El 8 de julio de 2014 con Resolución Rectoral 1044-2014-UNAP, se aprobaron los siguientes programas de postgrado:
Los programas de maestría, doctorado y segunda especialidad profesional, han sido aprobados por la Asamblea Nacional de Rectores con las Resoluciones siguientes: 1199-2014-ANR, 2437-2014-ANR y 2439-2014-ANR.
La creación de la Escuela de Postgrado de la UNAP se hace realidad como respuesta a los requerimientos de docentes universitarios capacitados, profesionales especializados e investigadores del más alto nivel para desenvolverse con eficiencia y eficacia en las instituciones públicas y privadas, y contribuir al desarrollo de la región y el país.
La Escuela de Postgrado de la UNAP “José Torres Vásquez” responde a las alternativas sociales e institucionales de la región y del país. Se encuentra al servicio del estudiante una infraestructura con aulas implementadas, auditorio, biblioteca, centro de cómputo, entre otros servicios académicos.
La Escuela de Postgrado de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, ha sido conducida por los siguientes profesionales: