Es el órgano de apoyo responsable de dirigir, organizar y supervisar los procesos, procedimientos y actividades de la gestión documental del Sistema de Archivo Central en materia académica y administrativa de la UNAP; así como, certificar los documentos oficiales de la Universidad; conducir y gestionar los procesos administrativos y resolutivos de la Asamblea Universitaria, Consejo Universitario y Rectorado; además, dirigir la emisión y otorgamiento de grados académicos y títulos universitarios, y preservar el acervo documental institucional.
La Secretaría General depende jerárquicamente del Rectorado.