Por decisión de primer rector Dr. Eduardo de Souza Peixoto, la UNAP se relaciona con la Universidad de Stanford (USA), que envía consultores y se da inicio en 1963 al proceso de implementación de la investigación con la creación y funcionamiento del Instituto General de Investigación (IGI), bajo la dirección del Tnte. Crnel. E. P. José Bailetti Mac-Kee.
Posteriormente en 1969, y de acuerdo a la Ley Universitaria (Decreto Ley 17437) se establecen los Programas Académicos en reemplazo de las Facultades, así como la Dirección Universitaria de Planificación e Investigación y las Comisiones de Investigación, que después se transformarían en los Institutos de Investigación de los recién creados Departamentos Académicos. En 1973, la UNAP establece el funcionamiento del Centro de Investigación de Recursos Naturales de la Amazonía (CIRNA), que coordinaba los proyectos de investigación de los institutos y estaba integrado a la Dirección de Planificación e Investigación.
Con la Ley Universitaria 23733, promulgada en diciembre de 1983, desaparecen los Programas Académicos y en 1984 son restituidas las Facultades, de las cuales pasan a formar parte los Institutos de Investigación. Asimismo, se dispone en la UNAP el funcionamiento del Centro de Investigación Antropológica de la Amazonía Peruana (CIAAP), mediante convenio firmado con el Centro Nacional de Investigación Científica Francés (CNRS).
En 1986, la UNAP establece el Consejo de Investigación, integrado por los directores de los Institutos de Investigación de las Facultades y el director del CIAAP, bajo la presidencia del vicerrector académico.
En 1989, se crea la Oficina General de Investigación de la UNAP (OGINV) por Resolución Rectoral 924-89-UNAP, cuyo jefe preside el Consejo de Investigación, el cual está integrado a la oficina como órgano de asesoramiento.
A partir del 2005, según Resolución Rectoral 013-2005-CU-UNAP, se aprobó la creación del Instituto de Investigación de la UNAP (IIUNAP), cuya directora presidió el Consejo de Investigación, el cual estuvo integrado por los directores de investigación de las diferentes facultades como órgano de gobierno. El IIUNAP para cumplir sus objetivos de investigación tuvo como órganos de línea al CIRNA y al CIAAP y a las direcciones de investigación de las facultades.
Con Resolución Rectoral 0291-2010-UNAP del 25 de enero de 2010, se deja sin efecto la creación del IIUNAP del año 2005 y se establece que a partir del 1 de febrero de 2010 se le restituye la denominación Oficina General de Investigación (OGINV).
Por medio de la Resolución Rectoral 0290-2010-UNAP del 25 de enero de 2010, se crea el Centro de Investigaciones de Recursos Naturales de la UNAP (CIRNA-UNAP) como unidad orgánica dependiente jerárquicamente del Rectorado, encargada de realizar investigación científica y tecnológica en el campo de los recursos naturales. Estará constituído por las siguientes unidades especializadas:
Con Resolución Rectoral 1304-2017-UNAP del 29 de septiembre de 2017, se cambia a partir del 2 de octubre de 2017 la denominación de la Oficina General de Investigación por la de Dirección de Investigación, como unidad orgánica dependiente jerárquicamente del Vicerrectorado de Investigación (VRINV) de la UNAP, sobre la base de la reforma del Estatuto de la UNAP aprobada el 24 de mayo de 2017 mediante Resolución de Asamblea Universitaria 005-2017-AU-UNAP.