El Vicerrectorado de Investigación es un órgano de la alta dirección responsable de planificar, gestionar, promover, coordinar, evaluar y difundir las investigaciones de la comunidad universitaria en concordancia con el Plan Estratégico de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, con la participación activa de los profesores, estudiantes, graduados y del sector público, privado, así como de la sociedad en general, procurando la cooperación y financiamiento de entidades nacionales e internacionales para atender los problemas de la región y del país. La UNAP posee recursos humanos altamente calificados, con grados de doctor y magíster o estudios de segunda especialización en los diferentes campos del conocimiento, con reconocida trayectoria en investigación. Además, cuenta con una infraestructura básica, laboratorios con tecnología de punta y campos experimentales para la investigación básica y aplicada.