La Universidad Nacional de la Amazonía Peruana tiene un secretario general, quien es fedatario de la Universidad, y con su firma certifica los documentos oficiales de nuestra casa de estudios. Es designado por el Consejo Universitario a propuesta del rector.
La función de fedatario la desarrolla de conformidad con lo dispuesto en la Ley 27444 (Ley del Procedimiento Administrativo General).
Depende orgánicamente del Rectorado. Sus funciones, atribuciones y los requisitos para desempeñar dicho cargo, se establecen en el Reglamento General de la Universidad.